Sin previo aviso, la Patrulla-X detectó un nuevo nacimiento mutante en Alaska. Al llegar allí descubrieron que la acción ya había pasado, hallando restos de los Purificadores (religiosos antimutantes de Stryker) y de los Merodeadores, pero ni rastro del bebé. Cíclope envió a un grupo de asalto a por los Merodeadores, mientras Forja enviaba a dos duplicados de Madrox y a Layla (a ésta, accidentalmente) a dos futuros posibles para ver las consecuencias que podía tener el nacimiento. Ríctor se infiltró entre los Purificadores, pero el plan salió mal cuando la rama joven de la Patrulla se lanzó al ataque, saliendo los chicos mal parados. El grupo de asalto descubre que Cable consiguió llegar el primero al bebé sin avisar a nadie. Todo el mundo empieza a ir tras él. Calibán muere luchando contra los Cosechadores. Cable llega a Tejas para conseguir un dispositivo temporal de Forja, pero Bishop le estaba esperando. Madrox y Layla descubren que en el futuro de Bishop, todos viven en campos de concentración por culpa de la 'mesías mutante', y al contrario de lo que les ha dicho a los X-Men, quiere matar a la niña y no salvarla. Pero aparecen los Merodeadores y se la llevan a la isla Muir, donde se descubre que Mística ha manipulado a los Merodeadores haciéndose pasar por Siniestro. La Patrulla-X llega al completo a la Isla Muir. Cíclope, recordando cómo él entregó a Nathan al futuro, accede a que Cable se lleve a la niña por el flujo temporal. Bishop, en un intento desesperado de matarla, dispara en la cabeza al Profesor. Sin el profesor Xavier, y con la mansión destruida, la Patrulla-X se desbanda.


Un tiempo después, Cíclope y Frost salvan a la ciudad de San Francisco y su alcaldesa les ofrece mudarse allí. Cíclope hace llamamiento a todos los mutantes del mundo, X-Men o enemigos, para que busquen refugio en SF. La raza mutante está en peligro de extinción, y deben mantenerse unidos. Como medida de seguridad, Cíclope crea en secreto un nuevo X-Force, dispuestos a matar, para garantizar la supervivencia de la raza. Lo forman Lobezno, Sendero de guerra, Loba venenosa, X-23, Ángel (que recupera los poderes de Arcángel), Elixir y Dominó. Además de luchar contra Bastión, los Purificadores, la Derecha, etc. son enviados en una misión al futuro. Allí, el dispositivo de Cable está estropeado, así que para huir de Bishop sólo puede ir hacia adelante en el tiempo; y sigue cuidando a la mesías, Hope Summers, y educándola y entrenándola. X-Force y Cable luchan contra Dyscordia y Bishop en el futuro, con la ayuda de Apocalipsis. Mientras tanto, Magik resurge del Limbo, y se crea un nuevo grupo de Nuevos Mutantes con Bala de cañón, Dani Moonstar, Magma, Mancha solar, Karma y Magik. También se crea el Club X de científicos, originalmente formado por Bestia, el Dr. Némesis, Madison Jeffries, la dra. Kavita Rao y el dr. Yuriko Takiguchi (que moriría poco después).

Entre tanto, varios líderes anti-mutantes, en realidad controlados por Bastión, aumentan el odio hacia éstos, consiguiendo causar unos disturbios. Norman Osborn y sus Vengadores Oscuros luchan contra los X-Men con la ayuda de los X-Men Oscuros: Emma Frost, Capa y Puñal (Tyrone Johnson y Tandy Bowen, que en realidad no son mutantes), Mímico, Daken (el hijo de Lobezno), Arma Omega (Michael Pointer), Namor (rey de Atlantis y 'primer mutante'), la Bestia Oscura y Mística haciéndose pasar por Xavier. En realidad, era un ardid de Cíclope y Emma. Los X-Men salen victoriosos, y deciden mudarse de San Francisco al Asteroide M convertido en isla: Utopía. Entre los muchos villanos que llegan a Utopía para aliarse con la Patrulla está el propio Magneto, que se arrodilla ante Cíclope, aceptándole como nuevo líder, y devuelve a Kitty Pryde del espacio como gesto de buena voluntad. Bestia no soporta esto y se retira a los Vengadores. Poco después, Selene utiliza el virus tecnoorgánico robado a Bastión para resucitar a miles de mutantes, incluyendo a los de Genosha, y lanzarlos contra la Patrulla mientras trata de convertirse en una diosa mediante un ritual. La Patrulla-X consigue repeler el ataque y X-Force mata a Selene. Aunque la mayoría de los resucitados muere sacrificados por Selene, algunos, como Cifra, regresan.


Finalmente, Hope, que ya es una adolescente, se siente preparada, y Cable consigue regresar al presente, tras una batalla final en la que se deshace de Bishop. Bastión lanza a toda su artillería contra ella: los Centinelas, los Purificadores, la Derecha, y los demás grupos antimutantes, con sus líderes manipulados con el virus tecnoorgánico. La Patrulla consigue llevar poner a Cable y a Hope a salvo en Utopía a costa de la vida de Rondador nocturno, sólo para que Bastión les rodee con un escudo impenetrable y abra dentro un portal al futuro del que salen Nimrods a decenas. Con X-Force viajando al futuro y el sacrificio de Cable, el portal es destruido, y Hope hace un despliegue de poder parecido al Fénix destruyendo ella sola a Bastión. Con la mesías mutante en Utopía, comienza una nueva era para los mutantes. Pero no todo serán alegrías...