Los X-Men, grupo más grande que nunca tras la división y reunificación, se dividió en dos equipos, Azul (Cíclope, Bestia, Lobezno, Mariposa mental, Pícara y Gambito) y Oro (Tormenta, Jean Grey, Coloso, Hombre de hielo, Arcángel y Lucas Bishop, un policía mutante venido del futuro). Entre tanto, se creó un nuevo grupo de X-Factor, dirigido por el Gobierno, que consistía en Kaos, Polaris, Hombre múltiple, Mercurio, Fortachón y Loba venenosa, aunque más adelante la alineación cambiaría a Kaos, Polaris, Mística, Dientes de sable y Niño salvaje (Kyle Gibney). Además, los Nuevos Mutantes se reformaron en X-Force, un grupo proactivo y ofensivo dirigido por Cable y Dominó (Neena Thurman), y que formaron, en distintos momentos, Bala de cañón, Bum Bum, Sendero de guerra (James Proudstar, hermano de Ave de trueno), Estrella rota (de la misma dimensión de Longshot), Feroz (María Callasantos), Dani Moonstar, Mancha solar, Siryn, Ríctor, el morlock Calibán y también algunos más. Finalmente, Excalibur también seguían en activo, aunque sin cruzarse con el resto.


El siguiente evento importante sucedió cuando Dyscordia, un clon de Cable creado por Apocalipsis, disparó a Xavier. Siniestro capturó a Scott y a Jean engañando a los jinetes de Apocalipsis, y se los entregó a Dyscordia a cambio de cierto contenedor. Mientras el equipo oro trataba de rescatarles, el azul se unió con X-Factor para ir a por X-Force, pensando que era Cable quien había atacado al profesor. Derrotado por Dyscordia, Apocalipsis se vio obligado a ayudar a los X-Men y curar a Xavier. Aclarado el tema de Cable, los X-Men lucharon contra Dyscordia y rescataron a Scott y Jean.

Pero mientras tanto Siniestro abrió el contenedor, en cuyo interior Dyscordia había puesto el virus del legado, un virus que afecta a los mutantes. Entre las bajas que iría ocasionando el virus, una de las primeras fue Illyana, debido a lo cual Coloso se unió temporalmente a los Acólitos de Magneto, un grupo de seguidores del amo del magnetismo, ahora liderados por el poderoso Éxodo (Bennet du Paris). Magneto planeaba alterar los campos magnéticos de la Tierra, y los X-Men unidos atacaron la estacion espacial de los Acólitos, el Asteroide M. Furioso por la oposición de su hijo Mercurio, que formaba parte del grupo de ataque, Magneto arrancó el adamantium de los huesos de Lobezno. En respuesta a esto, Xavier tomó la medida extrema de usar sus poderes para sacar a Magneto de su mente, dejándolo en estado vegetativo y cabando con sus planes.

Scott y Jean finalmente se casaron. Después, una raza tecnoorgánica alienígena llamada la Falange atacó a los X-Men, tomando la forma de varios de ellos. Banshee, Júbilo, Emma Frost recuperada y Dientes de sable, que estaba en rehabilitación con los X-Men, se unieron para defender a la siguiente generación de mutantes, a por la que iba la Falange. Posteriormente, Banshee y Emma llevaron a los jóvenes a la Academia de Massachussets de Frost, ahora parte del Instituto Xavier, formando un nuevo equipo de mutantes: Generación X. Eran Júbilo, Sincro (Everett Thomas), Pellejo (Ángelo Espinosa), M (Monet St. Croix), Penitencia (Claudette y Nicole St. Croix), Cámara (Jonothon Starsmore) y Vaina (Paige Guthrie, hermana de Bala de cañón). Tras estos eventos, la división azul-oro de X-men desapareció.