Legión, el hijo de Xavier, despertó del coma en el que quedó después de ser poseído por el Rey Sombra. Decidido a enmendar el daño causado, David Haller viajó al pasado con intención de matar a Magneto. Sin embargo, Xavier se sacrificó para salvar a su amigo, creando una distorsión en la realidad: con Xavier muerto, apareció la Era de Apocalipsis, en la que Apocalipsis dominaba la Tierra y Magneto creó a los X-Men, única oposición al tirano. Cada mutante tenía aquí un papel distinto. Bishop, una anomalía temporal, era el único en recordar la realidad, y viajó por este nuevo mundo tratando a convencer a los X-Men de la verdad. Mientras Magneto y los suyos atacaban la fortaleza de Apocalipsis, otros destruyeron el cristal M'Kraan, lo que permitió a Bishop volver al pasado y detener a Legión. Apocalipsis fue derrotado en esta realidad y Bishop regresó a la suya, aunque junto a algunos visitantes accidentales: la Bestia oscura, una versión maligna de Bestia; el cruel Hombre de azúcar; Holocausto, un jinete de Apocalipsis; y X-Man (Nate Grey), el hijo de Scott Summers y Jean Grey de esta era, creado artificialmente por Mr. Siniestro.

La siguiente amenaza surgió cuando un niño mutante fue asesinado frente a la mansión. Xavier, que tenía en su interior los restos de haber cerrado la mente de Magneto, y sentía la presión cada vez mayor del odio anti-mutante y las muertes causadas por el virus del legado, despertó a una entidad psiónica casi invencible que se había creado en él: Onslaught. La entidad absorbió también a X-Man y a Franklin Richards (hijo de Reed y Sue de los 4 Fantásticos, un mutante), y mandó a los Centinelas y a sus esbirros mutantes a por los héroes que se enfentaban a él. Con la ayuda del sacrificio de los Vengadores, los 4 Fantásticos, Hulk y el Dr. Muerte, se destruyó a Onslaught.

Aprovechándose de la mala publicidad del evento Onslaught, Bastión, la unión del Molde Maestro y Nimrod regresado del Sitio peligroso, ayudado por sus nuevos Centinelas Prime, iniciaron una nueva campaña contra los mutantes, llamada Operación: Tolerancia Cero. Con varios miembros de la Patrulla-X y todo Generación X capturados, los mutantes restantes tuvieron que hacer frente a la nueva amenaza. El Hombre de hielo lideró a los mutantes que lucharon contra Bastión, pero se retuvo, negándose a matarle. Afortunadamente, la Operación: Tolerancia Cero fue cancelada desde arriba y Bastión fue arrestado antes de que causara más daños.