Inesperadamente, Magneto resurgió, poderoso como nunca, estableciendo una base en la Antártida tomando el control de los campos magnéticos de la Tierra, y amenazando a los distintos países. La Patrulla-X viajó a la Antártida, donde descubrieron que Joseph no era sino un clon de Magneto creado por Astra, una vieja aliada y ahora enemiga de Magneto. Tras una dura batalla, Joseph se sacrificó para detener a Magneto. Sin embargo, los verdaderos planes del amo del magnetismo tuvieron éxito, ya que consiguió que las Naciones Unidas le cediesen la isla de Genosha para convertirla en una nación mutante. Los X-Men tuvieron que regresar impotentes a casa.

Después Lobezno fue capturado por Apocalipsis, quien volvió a inyectarle adamantium y le convirtió en su jinete Guerra, pero Logan pudo liberarse de su control. Los X-Men supieron que Apocalipsis estaba buscando a Los Doce, poderosos mutantes de quienes Apocalipsis quería absorber las energías para multiplicar inmensamente su fuerza. Sus súbditos consiguieron ir atrapando a todos: Magneto, Polaris, Tormenta, Fuego solar, Hombre de hielo, Cíclope, Fénix, Cable, Bishop, Mikhail Rasputin (el hermano demente de Coloso y Magik), el Profesor X y el Monolito viviente. Finalmente, pensaba usar al decimotercero, X-Man de la Era de Apocalipsis, para aportar la energía suficiente a su máquina. Pero el plan falló debido a que Magneto estaba debilitado, y el proceso no funcionó. Finalmente, Cíclope pareció sacrificarse para salvar a X-Man de Apocalipsis, y éste huyó. Cable se unió a los X-Men, y consiguió liberar a Cíclope de Apocalipsis y traerle de vuelta.

Entre tanto Mística volvía a la acción como terrorista. Aparentó ir a asesinar al senador Kelly, y creó una cepa del virus del legado que afectaría también a humanos – Kelly cambió de opinión finalmente sobre los mutantes, pero fue asesinado por un humano. Mística atacó junto a Dientes de sable la Isla Muir, hiriendo letalmente a Moira. Xavier logró obtener de ella información para curar el virus del legado. Bestia utilizó la información para crear una cura, pero Coloso se tuvo que sacrificar para que surtiera efecto. En Massachussets, Generación X se disolvió tras la muerte de Sincro causada por Adrianne Frost, la hermana mayor de Emma, de quien la Reina Blanca se vengó matándola a su vez.

Con el virus del legado curado, Magneto empezó a reunir un ejército mutante en Genosha. Raptó a Xavier, acusándole de no haber podido evitar la muerte de X-Men como Coloso, y lo crucificó en Genosha. La Patrulla estaba en un momento muy débil, estando varios miembros retirados temporalmente o ausentes, con sólo Jean, Cíclope y Lobezno disponibles. Mientras los dos últimos se infiltraban en Genosha, Jean creó un grupo de emergencia de X-Men: Espectro (Hector Rendoza), Omertà (Paulie Provenzano), Estrella del Norte (que había abandonado ya Alpha Flight), Frenesí (Joanna Cargill, acólito de Magneto manipulada por Jean), Pira solar (Leyu Yoshida, hermana de Fuego solar) y Dazzler. Durante la batalla, se descubre que Amelia Voght, antiguo romance de Xavier y acólito de Magneto, había liberado a Xavier, con la ayuda de la interferencia telepática de Jean e imágenes ilusorias de Dazzler. Magneto reconoció la victoria de sus enemigos, y sobrevivió a que Lobezno le acuchillase, pero se mantuvo en sus trece en su intención de crear una poderosa nación militar mutante.