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La nueva época comenzó con la Patrulla dividida en tres grupos: el principal, formado en principio por Xavier, Lobezno, Jean y Cíclope, que se centraban en la mansión, donde se había iniciado un nuevo curso con decenas de nuevos estudiantes mutantes gracias a la gran cantidad de mutantes que estaban apareciendo en la época (y donde los distintos X-Men ejercían de profesores); el equipo de fuera, de vivir aventuras por el mundo, formado por Arcángel, Hombre de hielo, Rondador nocturno, y por el que pasaron Cámara, Stacy X (Miranda Llevald), Estrella del norte, Vaina, Juggernaut, Kaos, Polaris y Júbilo; y el tercer grupo, el de Tormenta, Pícara, Mariposa mental, Bestia, Bishop, Ave de trueno III (Neal Shaara), Gambito y Sabia (Tessa), que se alejaron del resto con desconfianza mientras seguían las pistas de los misteriosos Diarios de Destino. En esta búsqueda, Mariposa mental murió y Bestia quedó herido grave. Para curarle, Sabia despertó una mutación secundaria en él, que hizo su aspecto más felino.

 La misteriosa Cassandra Nova lanzó Centinelas inmensos a Genosha, destruyendo la isla y a los millones de mutantes que había en ella, incluyendo al debilitado Magneto. Entre los pocos mutantes supervivientes estaba Emma Frost, gracias a haber desarrollado una mutación secundaria que la convertía en diamante. Emma se unió al grupo de la escuela junto a Bestia. Lobezno y Cíclope capturaron a Cassandra Nova, pero ella intercambió su mente a escondidas con la de Xavier. Nova hizo público que Xavier y sus alumnos eran mutantes, tras lo cual se fue al espacio shi'ar. La Patrulla se tuvo que enfrentar a los U-Men de John Sublime, humanos que trataban de adquirir partes mutantes para implantárselas a sí mismos. Cíclope, Emma, Lobezno y Dominó se encargaron de Sublime en Hong Kong y liberaron al mutante chino Xorn, mientras Jean alejaba a los U-Men... con los poderes de Fénix. Entre tanto Nova manipulaba a los shi'ar para atacar a la Patrulla-X. Los X-Men lograron encerrar a Cassandra, que resultó ser la 'mummudrai' de Xavier, gemela a la que había matado en el útero. Xorn curó a Xavier las piernas y se hizo profesor en la escuela y unió al grupo de Cíclope. Algunos estudiantes destacables de esta época serían Pico (Barnell Bohusk), Angel Salvadore, Ernst, Glob Herman, No-chica (Martha Johansson)...

Los X-Men se extendieron por el mundo gracias a dos iniciativas: el X-Treme Sanciones Ejecutivo, fuerza sancionada por las Naciones Unidas creada por el grupo de Tormenta; y la Corporación-X, una serie de grupos de mutantes divididos por el mundo, en los que se reunieron muchos de los mutantes que se habían quedado sin grupo. Fue el grupo de París (Bala de cañón, Ríctor, M, Siryn, el Hombre múltiple...) el que se encontró con el misterioso Arma XII; y también en París, Jean y el Profesor X conocieron a Fantomex (Arma XIII), que reveló ser parte del proyecto Arma Plus que había convertido a Lobezno en una máquina de matar - Arma X. De vuelta en la escuela, un grupo de alumnos adolescentes rebeldes con Chico Omega (Quentin Quire) al mando, e ingiriendo la droga Coz que aumentaba los poderes, hicieron una revuelta que acabó con la muerte de Sophie, una de las hermanas Cucos de Stepford (que más tarde se descubrirá eran Arma XIV). Tras el asalto, Jean regresó de París para descubrir in fraganti a Scott y a Emma teniendo una aventura romántica telepática. Un rato después, Emma apareció en su forma de diamante y convertida en mil pedazos.

Bishop y Sabia llevaron a cabo una investigación en la que acabaron descubriendo que Esme, otra de las Cucos, que se había separado de las demás tras tomar Coz, había sido la responsable. Con el poder de Fénix, Jean recompuso a Emma. Cíclope, Lobezno y Fantomex atacaron las instalaciones de Arma Plus, que destruyeron, no sin que antes Lobezno descubriera más sobre su pasado. Mientras tanto, en el Instituto, Xorn se reveló como Magneto (aunque después, al parecer, resultaría ser un impostor - es un asunto que ni siquiera 10 años después tenemos muy claro) y junto a sus alumnos capturó a Xavier, incapacitó a los distintos X-Men y se lanzó a por Nueva York, tomando Coz para aumentar sus poderes. Abrasándose en el Asteroide M, lanzado al Sol, Lobezno mató por piedad a Jean, que se convirtió en Fénix, y les llevó a él y al resto a Nueva York. Viéndose derrotado, el supuesto Magneto usó todas sus reservas de energía para matar a Fénix. Lobezno le decapitó, y Cíclope decidió cerrar la escuela. Sin embargo, en el futuro, esa decisión trajo como consecuencia que Sublime, que era en realidad una bacteria antiquísima y que había manipulado todos los acontecimientos recientes (desde Cassandra Nova hasta Arma Plus, pasando por la Coz), destruyó la civilización. En ese futuro, Fénix Blanca regresa, mata a Sublime, y vuelve al pasado para instar a Scott a que no cierre la escuela.